選抜されて、教育課程に正式に参加した学生は、奨励金が付与されます。

奨励金は、成績等の評価に応じて、SS、S、A、B、C の5区分とし、それぞれ月額で約24万円、20 万円、18 万円、15万円 、8万円です。
Sランクは、日本学術振興会特別研究員（DC）に匹敵する金額となります。

奨励金は博士後期課程への進学確定後に付与が開始されます。修士課程での参加希望者が多い場合には、定員より多く受け入れた上で、博士後期課程への進学時に再選抜を行う可能性があります。

学生への取得単位数などの指導は、メンター制度等に基づき半年ごとに行い、状況を運営委員会できめ細かく把握します。奨励金の金額変更については半年ごとに審査を行います。

奨励金の区分に関わる審査は、以下のデータを基準として運営委員会において行います。

• 当博士教育院の定めた履修科目および各系における選択コースの履修科目の履修状況および成績
• 論文発表や表彰などの実績
• 指導教員による所見
• 課外活動など特に評価するべき事項

また、本学位プログラムは博士後期課程への進学を大前提としており、奨励金の付与も原則的には、博士後期課程に進んだ学生のみを対象としますが、修士課程の学生についても、博士後期課程への進学意志が明確であり、成績および人物が優秀である場合においては、本人の経済的事情や留学生であるか否か等も勘案し、修士課程学生への奨励金を付与します。