プログラムコーディネーターの下に、運営委員会を構成し、定期的な会合を持つことにより、学生の学習状況の進捗管理、予算・人事・総務などの管理を一元的に把握しています。また、運営委員会を中心としたプログラム運営をより中立的な立場から助言指導いただくための外部評価委員会を構成し、産学官からの委員（5 名）により当プログラムの運営状態について助言をいただきます。

さらに、本学位プログラムにおける複雑な活動要素を円滑に管理運営するために、運営委員会の下部組織として、メンター部会、カリキュラム部会、キャリアパス形成・海外派遣部会、国際連携部会、広報部会、インフラ部会の6つの部会と、7つのワーキンググループを設置しています。

具体的な組織図は、下記の通りです。